O corte de vídeos é causado pelo fato de o desenho de vídeo não estar sincronizado com a taxa de atualização da exibição. Isso resulta na exibição da parte superior de um quadro e da metade inferior no quadro anterior ao mesmo tempo, o que é particularmente perceptível nas seções de vídeo com panorâmica horizontal.
Os drivers de código aberto, com DRI2, devem ser capazes de sincronizar seus desenhos com a atualização da tela corretamente, mesmo quando executados com efeitos de área de trabalho ativados¹. Os drivers proprietários nVidia e ATi podem não fazer isso corretamente.
Por fim, desabilitar os efeitos da área de trabalho deve eliminar o lacrimejamento, independentemente do driver que você está usando - todos os drivers (sensatos) podem sincronizar para vblank para vídeo nesse caso.
¹: Tecnicamente, o problema é ter um gerenciador de composição em execução, porque isso significa que todas as janelas são primeiramente desenhadas fora da tela e então compostas na tela pelo gerente de composição. Como o vídeo é "desenhado" pela primeira vez fora da tela, não é possível sincronizá-lo com a atualização da tela.