Este não é um problema com uma versão mais recente do PPA oficial da Numix.
Exclua o tema que você instalou dos repositórios oficiais e:
sudo add-apt-repository ppa:numix/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install-numix-gtk-theme
Quando você ativa o tema pela primeira vez, ele mostra, por alguns motivos, linhas brancas perto da borda superior, mas depois de uma reinicialização, tudo estará perfeito.