Encontre o arquivo .desktop associado e remova-o.
Procure o arquivo .desktop nessas pastas:
/usr/share/applications
~/.local/share/applications/
Quando encontrá-lo, remova o arquivo com sudo rm -f file.desktop . Da próxima vez que você reiniciar, ele deve ter desaparecido. Se você não consegue encontrá-lo, você sempre pode pesquisar todo o disco rígido com:
sudo find / -name "*.desktop"