Eu tive o mesmo problema com o ASUS Xonar DGX ao usar fones de ouvido, talvez a solução também possa ser aplicada à sua placa.
Primeiro, verifique os modos disponíveis para "Saída analógica":
$ amixer -c 0
[...]
Simple mixer control 'Analog Output',0
Capabilities: penum
Items: 'Stereo Headphones' 'Stereo Headphones FP' 'Multichannel'
Item0: 'Multichannel'
Quando definido para "Multichannel", o controle de volume não funciona. Defina-o como "Auscultadores estéreo" para ativar o amplificador interno.
$ amixer -c 0 set "Analog Output" "Stereo Headphones"
Simple mixer control 'Analog Output',0
Capabilities: penum
Items: 'Stereo Headphones' 'Stereo Headphones FP' 'Multichannel'
Item0: 'Stereo Headphones'