Apenas um palpite - você tem sincronização de NTP ativada? Estou tendo o mesmo problema no Ubuntu 12.04 como convidado do Hyper-V. Quando o Ubuntu inicializa, o MySQL está sendo iniciado antes da sincronização de tempo e obtém um bom tempo de atividade eterno. Solução simples - reinicie o serviço mysql. Solução adequada - verifique se o serviço mysql é iniciado após a sincronização do ntp.