Para esconder coisas no Nautilus (e talvez outros navegadores gráficos) quando você não pode renomear, você pode criar um arquivo chamado .hidden no diretório atual e listar os caminhos que você não quer mostrar.
Por exemplo, se eu tiver um diretório com subdiretórios {a..f} e .hidden contendo:
b
c
ls -l mostra tudo ainda:
drwxr-xr-x 2 oli oli 4096 2011-06-29 23:02 a
drwxr-xr-x 2 oli oli 4096 2011-06-29 23:02 b
drwxr-xr-x 2 oli oli 4096 2011-06-29 23:02 c
drwxr-xr-x 2 oli oli 4096 2011-06-29 23:02 d
drwxr-xr-x 2 oli oli 4096 2011-06-29 23:02 e
drwxr-xr-x 2 oli oli 4096 2011-06-29 23:02 f
Mas o Nautilus só mostra:
