Como você diz que funciona bem por cinco minutos, essa é a sua janela de oportunidade para executar algumas ferramentas de monitoramento.
Primeiro, instale o iotop e o htop:
sudo apt-get instala o iotop htop
Em seguida, inicie um terminal para cada um e execute-os (apenas "iotop" e "htop", um em cada terminal). Então espere a gagueira começar a acontecer e veja o que a causa.
Outro lugar para procurar pode ser o dmesg - talvez inicie um terceiro terminal e execute o comando:
tail -f /var/log/kern.log
(em vez de simplesmente executar "dmesg" diretamente, porque você está interessado em monitorar constantemente o sistema enquanto espera que a gagueira comece).
Estes passos devem ajudar a identificar o que pode estar a causar os seus problemas.