Welp, descobriu, e a resposta é meio irritante.
NÃO OCULTAR AS COISAS NO MENU UNIDADE USANDO UM EDITOR DE MENU. Essa foi a única razão. Depois que eu desmarquei as configurações, todas voltaram.
Suponho que o aplicativo seja lido no menu para descobrir quais configurações ter e, se ele não existir no menu, ele também não existe nas configurações. Isso é meio chato, para ser honesto; Eu teria pensado que faria mais sentido ter isso independente, mas tudo bem.