O Wubi cria um disco virtual (o mesmo que qualquer VM, como VirtualBox ou VMWare), que pode ser desfragmentado dentro do Windows como qualquer outro arquivo. Sinta-se à vontade para desfragmentar no Vista - isso não afetará o wubi.
Gostaria de desfragmentar o Vista separadamente, entendendo que o Ubuntu não precisa dele. Enquanto os arquivos do Ubuntu estão incluídos no drive c, isso causará problemas?
O Wubi cria um disco virtual (o mesmo que qualquer VM, como VirtualBox ou VMWare), que pode ser desfragmentado dentro do Windows como qualquer outro arquivo. Sinta-se à vontade para desfragmentar no Vista - isso não afetará o wubi.