Eu uso o Sparkleshare para isso. Pense no Sparkle como "auto git". Todas as modificações de arquivo são confirmadas e enviadas para remoto. Funciona bem, com o poder de gerenciamento de versão git você tem histórico completo. Você precisará de outro sistema que permita conexões ssh com brilho também.
Nós tentamos um multiusuário Spark e a configuração entrou em colapso porque um usuário anunciou uma cópia de um projeto git por acidente e uma misteriosa recursão desenvolvida que preencheu um disco rígido.
Nenhum problema aconteceu com configurações de um usuário.
Também obtivemos bons resultados com o OwnCloud. A configuração do lado do servidor é um pouco mais elaborada lá. Comporta-se quase exatamente como o Dropbox para estações de trabalho.