Para um programa baixado, você pode usar o Nautilus para acessar as propriedades do executável. Primeiro, desbloqueie o programa a partir do lançador e, em seguida, abra a pasta que contém os executáveis:
Clique com o botão direito no executável e selecione Propriedades:
Clique com o botão esquerdo no quadrado do ícone e selecione o ícone adequado do programa. Reinicie o programa e trave-o no lançador.