O que provavelmente aconteceu é que você não tem mais o grub / stage2. Você eliminou as partições que foram instaladas para inicialização dupla, quando voltou para as configurações de fábrica.
No entanto, você pode provavelmente inicializar facilmente no Windows. Você ainda tem grub (aparentemente).
Primeiro, você pode listar as partições em sua máquina:
grub> ls
Você provavelmente verá algo como (hd0, msdos1) (hd0, msdos2)
Em seguida, você pode digitar algo como o seguinte no prompt do grub
set root=(hd0,msdos2)
chainloader +1
boot
(você pode experimentar com várias partições - na minha máquina com Windows 7, o msdos1 entra em uma inicialização de diagnóstico)
Agora, se isso entrar no Windows, você poderá usá-lo temporariamente (ou permanentemente) para inicializar sua máquina. Se isso não acontecer, você pode fazer um disco de resgate grub, dando-lhe um grub mais funcional. Este seria um dvd, cd ou flash drive. Ele inicializaria em um grub que teria módulos adicionais (como "insmod ntfs").
Então, você tem duas escolhas. Você pode aprender sobre o Windows Repair, que provavelmente tem uma maneira de reescrever o carregador de alça de inicialização - mas tenha cuidado, porque ele irá sobrescrever o grub.
A outra opção é abrir espaço para o Ubuntu no seu disco rígido (reduzindo o tamanho da sua partição) - Eu usaria as ferramentas "Gerenciamento do Computador" no Windows para redimensionar sua partição principal. Você não precisa de muito espaço para ter um Ubuntu mínimo - veja as notas de instalação.
Em seguida, você pode instalar o Ubuntu, que lhe dará um sistema de inicialização dupla, trabalhando grub e grub stage 2, que permitirá que você inicialize o Windows mais facilmente.
Comandos úteis adicionais para o grub são:
set pager=1
help