Sim. A versão do repo está quebrada. Eu encontrei um comentário do autor, eu realmente não consigo lembrar onde, mas ele reconhece que a versão oficial não é boa.
A boa notícia é que ele tem um PPA que funciona bem e funciona perfeitamente no meu sistema.
Aqui está o material do terminal -
sudo apt-add-repository ppa:stebbins/handbrake-snapshots
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
Ele disse que vai consertá-lo no devido tempo, uma vez que ele tenha descoberto o que deu errado.