Como você aponta, HDF5 é um formato de arquivo de dados muito geral. Os objetos barebones em um arquivo HDF5 são conjuntos de dados, espaços para dados, tipos de dados, grupos e assim por diante. O Grupo HDF tem uma introdução aqui: link
Quase certamente qualquer programa (por exemplo, parasol) que possa entender os arquivos .h5 como malhas , possui um esquema específico da malha para seguir o formato HDF5 básico. A primeira pergunta que eu estaria perguntando é: A parasol documenta seu esquema para malhas? Se assim for, há esperança de um conversor. Se não, e eles mantêm isto proprietário, você também está pedindo que alguém tenha engenharia reversa no esquema.