Você pode fazer isso da maneira mais difícil.
1.- Abra seu DE. Por exemplo, Canela.
2.- Verifique cada aplicativo instalado no menu e anote aqueles que você não deseja que apareçam.
3.- Abra seu gerenciador de arquivos (Nautilus ou Nemo)
4.- Vá para /usr/share/applications
(também verifique .local/share/applications
em sua pasta pessoal) e identifique o nome do arquivo dos aplicativos que você não deseja que apareçam sob sua DE atual
5.- Abra um terminal e digite
cd /usr/share/applications
6.- Para cada aplicativo, digite
sudo nano [nameoftheprogram].desktop
Por exemplo:
sudo nano yelp.desktop
7.- Encontre esta linha
OnlyShowIn=
e exclua o DE que você não deseja. Se não houver essa linha, adicione-a e adicione também o DE.
8.- Repita os passos 6, 7 e 8 para cada programa.
N.B. Este tutorial só irá ajudá-lo com a mistura de programas no menu.