Algumas placas-mãe não possuem suporte adequado a ventoinhas Linux, então pode ser simplesmente um problema de driver.
Verifique se seus fãs foram detectados. Instalar sensores de lm:
sudo apt-get install lm-sensors
E execute-o no terminal com o comando "sensors". Seus ventiladores devem ser listados como fan1, fan2, etc. Se não, os drivers não são detectados corretamente.
Se eles forem detectados corretamente, siga as instruções aqui: Como controlar a velocidade do ventilador?
Infelizmente, se seus fãs não forem detectados, você não poderá controlar diretamente a velocidade deles.
Pode ser que o seu controlador de CPU esteja fazendo o clock de sua CPU mais do que o necessário, resultando em maior desperdício de calor que seus ventiladores precisam dissipar. O controle do ventilador baseado na temperatura geralmente é gerenciado pelo BIOS.
Instale o pacote cpufrequtils:
sudo apt-get install cpufrequtils
Verifique seu driver de cpu com o comando:
cpufreq-info
Se for acpi-cpufreq, faça o seguinte:
Mude seu governador para ondemand com o comando
sudo cpufreq-set -g ondemand
Se o seu driver cpu for intel-pstate, mude o governador para powersave e veja o que acontece. Se a velocidade do ventilador for reduzida em economia de energia, você deve desativar o intel-pstate e usar o acpi-cpufreq, já que o acpi-cpufreq tem muito mais opções quando se trata de clocks.
Para desativá-lo:
sudo nano (or gedit) /etc/default/grub
Edite a linha GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="~" e adicione "intel_pstate = disable".
Em seguida, execute o comando:
sudo update-grub
E reinicie e edite as configurações do governador de acpi conforme descrito acima.
NOTA: Geralmente, há quatro reguladores de CPU principais sob o comando acpi-cpufreq: Performance, Powersave, Ondemand e Conservative. O desempenho atinge sua CPU em seu clock mais alto. Ondand clocks sua CPU maior ou menor dependendo da carga. O Powersave mantém sua CPU na menor freqüência possível, e o Conservative Governor prefere o clock mais baixo, mas vai pular dependendo da carga.
Sob intel_pstate, existem 2 governors: Performance e powersave. O Intel_pstate se comporta de maneira um pouco diferente do que o acpi-cpufreq e também é um pouco mais rápido, em detrimento da customização.
Editar, thermal também pode estar relatando altas temperaturas, como FrankFoo disse. Verifique os logs thermald.