Consegui atualizar meu sistema baixando a imagem ISO do desktop Ubuntu 12.10, gravando em DVD e inicializando a partir dele. O utilitário de instalação tem a opção de atualizar a instalação atual em vez de reinstalar um novo sistema completo.
Eu não perdi os dados da minha pasta, mas perdi todas as outras configurações do sistema e tive que reinstalar todos os aplicativos não padrão. Eu sugiro fazer backups antes de instalar.