Supondo que seu dispositivo esteja executando o IOS7 (ou anterior?), parece que você pode resolver esse problema instalando o pacote libimobiledevice-utils ativando o repositório universe e emitindo esses comandos.
sudo apt update
sudo apt install libimobiledevice-utils
Eu não tenho o hardware para testar isso, mas isso deve colocá-lo no caminho certo.
EDIT: Ao obter um Ipod, posso verificar que ele funciona perfeitamente no Rhythmbox com uma nova instalação do Ubuntu 16.04. Você o encontrará listado em Dispositivos, conforme mostrado abaixo. Clique no dispositivo, depois na música que deseja reproduzir e, em seguida, clique no botão de reprodução.
