O arquivo /etc/default/rcS afeta o comportamento dos scripts de inicialização. Você pode usar o processo de instalação para ver a diferença entre os dois arquivos se não tiver certeza se fez alguma alteração no arquivo.
Quando não tenho certeza sobre um arquivo de configuração, costumo cair em um shell e copiar esse arquivo para algo semelhante a rcS.old , depois permitir a sobregravação para depois examinar as alterações e usá-las para criar o melhor arquivo de configuração entre os dois.
Claro que as opções são:
(Prompt de exemplo)
Configuration file '/etc/bash.bashrc'
==> Modified (by you or by a script) since installation.
==> Package distributor has shipped an updated version.
What would you like to do about it ? Your options are:
Y or I : install the package maintainer's version
N or O : keep your currently-installed version
D : show the differences between the versions
Z : start a shell to examine the situation
The default action is to keep your current version.
*** bash.bashrc (Y/I/N/O/D/Z) [default=N] ?