Não. Bem, geralmente a resposta é 'não'.
Um programa depende (por exemplo) de bibliotecas e essas bibliotecas são instaladas com o programa. E como essas bibliotecas são exclusivas para o ambiente de área de trabalho (DE), elas provavelmente não quebrarão o DE que você instalou, pois o fabricante do software tentará criar nomes de arquivos exclusivos ou usar bibliotecas gerais e usar kits de ferramentas gerais. (e esses devem ser únicos também).
Se por acaso o criador do programa criar algo com o mesmo nome e também for salvo no mesmo diretório que o software no DE que você deseja instalá-lo, será complicado. Às vezes, o instalador irá avisá-lo e sair.
Eu já vi uma vez em que isso aconteceu, mas foi porque um software foi bifurcado e a pessoa responsável por ele decidiu manter nomes idênticos, em vez de transformá-lo em um novo programa independente. Mas é provável que você escolha um sobre o outro, então era basicamente um problema não existente.
Eu me lembro de outra: no SCO você tem um comando chamado enable que tem 2 funções: faz parte de uma configuração de impressora em que você usa disable e enable de uma impressora. Mas também é uma função para outra coisa (e esta vem primeiro). Portanto, você pode fazer disable /dev/kyo0 , mas precisa /usr/bin/enable /dev/kyo0 para habilitar a impressora (isso foi corrigido posteriormente renomeando enable para cups-enable ) (da memória, portanto, os detalhes podem estar desativados;)).
Mas isso é apenas irritante e não foi um grande problema: já que ambos residem em diretórios diferentes, o comando acima da diretiva PATH precisa ter o diretório na frente dele.