Depende de como você atualiza. Fazer atualizações parciais oferecidas pelo Gerenciador de Atualizações geralmente causa problemas como esse.
IMO, a maneira mais segura é atualizar via linha de comando (usando apt-get
) e prestar atenção ao que está prestes a acontecer.
Estou curioso para saber por que os pacotes decidem sair.
Basicamente porque você atualizou quando as dependências não eram satisfatórias. O sistema decide então o que precisa ser feito (removido) para criar um estado consistente.