O diretório inicial contém configurações por usuário, /etc
contém configurações de todo o sistema e /var/lib/dpkg
contém informações de estado do pacote. Com essas informações, você pode restaurar totalmente o sistema em uma nova instalação.
Um backup de suas configurações é a solução principal: Comparação das ferramentas de backup
Para criar um clone de disco (imagem de disco), consulte Como criar uma imagem de disco e restaurá-la depois?
Se você quiser experimentar, considere usar uma máquina virtual com VirtualBox . Usando o VirtualBox, você pode tirar fotos do sistema (mesmo se estiver em execução), que podem ser restauradas posteriormente.