Você pode usar o psensor para monitorar a temperatura do computador. Este é um aplicativo GUI que lê os sensores da CPU e da Mainboard.
sudo apt-get install psensor
Depois de iniciar o psensor, vá para o "Menu de preferência do sensor", escolha o sensor da sua CPU e clique em Alarme - Ativar notificações da área de trabalho. Você pode modificar o limite de temperatura para suas necessidades.