Edite o arquivo /your_home_directory/.config/user-dirs.dirs
. O conteúdo do arquivo deve estar abaixo
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/Public"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/Downloads"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/Music"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/Videos"
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Desktop"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/Documents"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/Templates"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/Pictures"
Você pode alterar o caminho dos diretórios padrão. Se você perdeu algum diretório, verifique se ele está presente neste arquivo.