Trabalho em volta encontrado. O problema aparentemente era algo com o Unity. Eu mudei para o Ubuntu Mate e está tudo bem.
Acabei de reinstalar o 16.04 em uma nova máquina depois de executá-lo por alguns dias. Estranhamente, a maioria dos aplicativos que baixei desde o Ubuntu Software não rodou corretamente. O Evolution é instalado, mas não é executado. O VLC é instalado, mas não é executado. Pan é instalado, mas não é executado. O GIMP é instalado, mas é executado sem nenhum menu. Alguns outros estão correndo OK. Os ícones dos que não são executados ficam pendurados no dock e geralmente não são removidos, a menos que eu reinicie ou faça logout. Eles também não funcionam quando eu tento abri-los através do Terminal, embora o VLC tenha dito que já estava rodando (não havia janelas visíveis) e o Pan se queixou de um arquivo .system. O que causaria uma mudança tão ampla? Esses aplicativos estavam funcionando bem na mesma máquina e no mesmo sistema operacional um dia atrás. Eu executei o apt-get update e atualizei o Unity.
Trabalho em volta encontrado. O problema aparentemente era algo com o Unity. Eu mudei para o Ubuntu Mate e está tudo bem.