O problema surge porque o arquivo de configuração da tela de login está localizado em outro lugar, e sua pasta pessoal mantém sua configuração personalizada para uso após o login.
Eu tive a mesma queixa com Zorin.
Tudo o que você precisa fazer é copiar ou criar um link simbólico a partir do seu arquivo de configuração pessoal para o arquivo de configuração lightdm padrão ...
Para copiar ... (ou seja, fazer uma cópia órfã da sua configuração)
sudo cp ~/.config/monitors.xml /var/lib/lightdm/.config/
Para symlink ... (ou seja, um link do LIVE para sua configuração, que é usado toda vez!)
sudo ln ~/.config/monitors.xml /var/lib/lightdm/.config/
Ambas as soluções são referenciadas em ESTE POST
HTH: D