Eu experimentei o mesmo problema com um monitor externo SyncMaster P2370HD-HDTV como segundo monitor. Eu atualizei o Ubuntu Desktop para 16.04 LTS e então o kernel para 4.9 e isso resolveu o problema.
cat /etc/lsb-*
DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=16.04
DISTRIB_CODENAME=xenial
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 16.04.2 LTS"
uname -r
4.9.0-040900-generic
Veja o kernel 4.9 descrição para maiores informações . Este pode ajudá-lo a realizar a atualização .