Primeiro, NUNCA é recomendado executar qualquer sistema operacional em qualquer unidade externa. Dito isto, tive um problema semelhante. Se a sua unidade externa for uma HD, o que significa que ela tem um disco giratório, o problema é que a sua bios deseja inicializar algo mais rápido do que a sua unidade externa pode girar. Para corrigir isso, vá para a BIOS e muito provavelmente uma aba de boot e procure por algo que diz Harddisk Delay e configure para algo maior. Isso atrasará o processo de inicialização e dará tempo para que seu disco externo gire, permitindo que o BIOS detecte-o.