deb
packages tem alguns hooks definidos, onde scripts podem ser executados enquanto o pacote é instalado, desinstalado, etc. Parece que no seu caso um desses scripts falha, então toda a instalação falha:
/usr/lib/ruby/vendor_ruby/bundler/resolver.rb:194:in 'block in initialize':
undefined method 'add_root_vertex' for Molinillo::DependencyGraph:[]:Molinillo::DependencyGraph (NoMethodError)
Então o Bundler não pode encontrar um método em uma biblioteca que gostaria de chamar. A julgar pelo problema no repositório Github do Bundler, você pode estar usando uma versão desatualizada do Bundler. Então talvez atualizar o Bundler ajudaria. Como exatamente você precisa fazer isso depende de como você instalou o Ruby, incluindo o Bundler (sistema de pacotes, RVM, rbenv, ...)