Eu tenho uma configuração semelhante, diferente versão gpu e usando VGA e DVI. Estou enfrentando o mesmo problema da atualização mais recente. Eu anteriormente tinha os dois monitores trabalhando com o kernel 4.4.0.22.
Durante a inicialização, veja se há um novo kernel instalado e tente inicializar em um antigo.
Como mudar o kernel na inicialização
edit: também tente isto Dell 3543 Kubuntu 16.04 não pode obter saída para o segundo monitor em HDMI Eu não tive a chance de dar uma solução a esta solução