rsync é o caminho a percorrer ao fazer este tipo de coisas, com uma pequena ajuda de cron para agendar a tarefa.
Por exemplo, se você quiser fazer o backup do diretório /foo/bar recursivamente para remover o servidor spamegg , você pode fazer:
rsync -a /foo/bar user@spamegg:/where/to/put
rsync fará backup incremental, por isso não será intensivo em largura de banda e de rede também.
Definindo isso como uma tarefa diária cron , abra seu crontab por crontab -e e coloque:
00 02 * * * rsync -a /foo/bar user@spamegg:/where/to/put
Isso executará o trabalho rsync diariamente às 02:00.