Você não precisa mais baixar o arquivo .run. Os drivers da Nvidia estão disponíveis nos repositórios padrão do Ubuntu.
Para instalá-lo, execute os seguintes comandos.
sudo apt-get update
sudo apt-get install nvidia-361
NOTA: você pode querer desinstalar todos os drivers nvidia instalados anteriormente antes de instalá-los. Para fazer isso,
sudo apt-get remove --purge nvidia*