Eu tive o mesmo problema. Eu suponho que você precisa não apenas copiar o .config mas também o Module.symvers
meus passos para compilar o módulo ft1000 (rodando o Debian Wheeze 7.1.0; kernel 3.2.0-4-686-pae):
aptitude install linux-headers-3.2.0-4-686-pae
aptitude install linux-source-3.2
cd /usr/src/
tar xjf linux-source-3.2.tar.bz2
cd /usr/src/linux-source-3.2
cp ../linux-headers-3.2.0-4-686-pae/Module.symvers .
make oldconfig # it copies .config to ./
vi .config # enable ft1000 module: CONFIG_FT1000=m
make prepare # setup FT1000 as module
make modules_prepare
make SUBDIRS=scripts/mod
make SUBDIRS=drivers/staging/ft1000/ft1000-usb modules
cp drivers/staging/ft1000/ft1000-usb/ft1000.ko /lib/modules/3.2.0-4-686-pae/kernel
/drivers/staging/
depmod
modprobe ft1000