Qualquer sistema operacional baseado em UNIX não pode ter dois diretórios base diferentes. O problema teria sido resolvido se você tivesse escolhido o mesmo diretório home para a nova versão. Você não tem que formatar também.
Para mover o iniciador da esquerda para a parte inferior digite terminal:
gsettings set com.canonical.Unity.Launcher launcher-position Bottom
Para ativar o Windows, minimize no tipo de clique no terminal:
gsettings set org.compiz.unityshell:/org/compiz/profiles/unity/plugins/unityshell/ launcher-minimize-window true
Se você encontrar algum tipo de erro no terminal:
apt install gsettings
e repita os dois comandos acima novamente.
Tenha uma boa experiência com o Ubuntu 16.04.