Acho que descobri.
Eu comecei fresco e passei por cada linha do meu pastebin, usando apenas as partes necessárias para o PHP como FastCGI, e pesquisei exatamente como cada pequena obra funciona. Então eu tentei muitas coisas que falharam, então só havia uma coisa para tentar, e talvez isso não seja o "jeito certo", mas ...
crie um novo bloco <Directory>
em /etc/apache2/sites-available/johnny.conf
e copie as diretivas, mas com algumas alterações
<Directory /var/www/johnny/public_html/new>
Options +ExecCGI -Indexes +FollowSymLinks +MultiViews
AllowOverride All
AddHandler fcgid-script .php .htm .html
FCGIWrapper /var/www/php-fcgi-scripts/johnny/php-fcgi-starter_new .php
FCGIWrapper /var/www/php-fcgi-scripts/johnny/php-fcgi-starter_new .htm
FCGIWrapper /var/www/php-fcgi-scripts/johnny/php-fcgi-starter_new .html
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
, em seguida, crie um script separado do fcgi starter /var/www/php-fcgi-scripts/johnny/php-fcgi-starter_new
#!/bin/sh
#PHPRC=/var/www/johnny/new
#export PHPRC
export PHP_FCGI_MAX_REQUESTS=5000
export PHP_FCGI_CHILDREN=8
exec /usr/lib/cgi-bin/php -c /var/www/johnny/public_html/new
Descobri que PHPRC=
não funcionou neste caso, mas o parâmetro -c não funciona! É isso aí. É um PITA, mas funciona bem o suficiente para meus propósitos.