Aparentemente definindo o layout do teclado que você deseja usar ao fazer o login, resolve este problema.
Ao fazer o login, como você está prestes a digitar sua senha no GDM, existe uma opção de menu discreta na barra de ferramentas na parte inferior.
Alterar a configuração aqui fará com que o Ubuntu use a configuração correta do teclado não apenas para aquela sessão, mas para logins subseqüentes.