A execução do Samba é um pouco diferente da execução do apache ou mysql.
Quando você se conecta ao servidor web, todos os processos são executados como usuário www-data, quando você se conecta ao mysqld, todos os processos são executados como usuário mysql.
Mas quando você se conecta ao samba, um novo processo é bifurcado com suas credenciais de usuário. Apenas root pode bifurcar processos como outros usuários.
É correto que o samba esteja rodando como root.