Longa história curta; Eu estava pensando demais nisso. Pensei que precisaria alterar as colunas em um arquivo de configuração quando, na verdade, apenas posso criar um alias para manipulá-lo para todos os usuários.
Criado um arquivo em /etc/profile.d chamado 00-aliases.sh contendo:
alias mtr='mtr -o LSR NABWV'
Para que, quando eu digitar MTR, ele use o alias com as colunas. Parece uma solução viável, a menos que alguém possa oferecer melhor.
(Obviamente, não se esqueça de definir o arquivo como e x ecutable).