Para se concentrar na sua experiência anterior, se autoremove remover "mais do que você pretendia", isso será feito porque esses pacotes não são mais necessários. Isso acontece quando você acidentalmente remove algo:)
Um exemplo comum dos bons e velhos tempos seria remover algo relacionado ao Compiz. O apt-get mostraria uma lista de pacotes do Compiz que ele removeria e você perderia o ubuntu-desktop que também estava lá. ubuntu-desktop é apenas um meta-pacote que depende de todos os pacotes que compõem o desktop, então removê-lo não remove diretamente nada ...
... Mas quando você faz um autoremove subseqüente, todas as coisas que ubuntu-desktop era a única dependência ... Eles estão indo tchau-tchau.
Algumas lições:
sudo apt-get remove <package> avisará o que será removido diretamente. Ele não irá notificá-lo sobre efeitos colaterais.
sudo apt-get autoremove também deve avisar o que vai fazer.
Use apt-get -s autoremove para fazer uma simulação a seco se não tiver certeza. Você pode usar isso em todos os comandos do apt-get.
Se você reiniciar e estiver olhando para o TTY1 imaginando quais macacos você colocou em nu neste momento, /var/log/apt/history.log deve ter sua atividade mais recente.
Em caso de dúvida, verifique o ubuntu-desktop está instalado.
autoremove é seguro? É maquinário pesado, então é tão seguro quanto o motorista ... Mas, dito isso, é difícil causar danos permanentes.