Em comparação com outros SAPIs CLI SAPI não altera o diretório de trabalho atual para aquele em que o script iniciado reside.
Uma maneira portátil seria usar a função realpath e constante __DIR__ :
<?php
require_once realpath(__DIR__ . '../somethin.php')
Em resumo, quando os caminhos CLI SAPI são relativos ao diretório em que o PHP processo iniciado:
ubuntu@h6fk4:~$ cat test.php include-me.php
<?php
echo getcwd() . PHP_EOL;
require_once './include-me.php';
<?php
echo 'I been included!' . PHP_EOL;
ubuntu@h6fk4:~$ php test.php
/home/ubuntu
I been included!
ubuntu@h6fk4:~$ cd /srv/
ubuntu@h6fk4:/srv$ php ~/test.php
/srv
PHP Warning: require_once(./include-me.php): failed to open stream: No such file or directory in /home/ubuntu/test.php on line 3
PHP Fatal error: require_once(): Failed opening required './include-me.php' (include_path='.:/usr/share/php:/usr/share/pear') in /home/ubuntu/test.php on line 3
Use upstart setuid e setgid sub-rotinas para mudar para o usuário / grupo antes de executar o processo do trabalho como recomendado @ bc2946088.