Eu usei arandr
para obter a configuração correta de xrandr
na forma de um script de shell e configurá-lo para ser executado na inicialização da sessão para tornar a alteração permanente.
Infelizmente, embora a execução do script tenha corrigido o problema, ele não seria feito automaticamente no início de uma sessão, por isso acabei de atualizar para o xfce 4.12, que tem melhor suporte para vários monitores e isso cuidou do questão.