Sim, há uma diferença, no 16.04 LTS você terá o Gnome-Software-Center em vez do Ubuntu-Software-Center.
Quanto à adição de repositórios, isso você sempre pode fazer em System Settings --> Software & Updates --> Other Software
Existe uma diferença entre os Centros de Software do Ubuntu 14.04 LTS e o 16.04 LTS. O Centro de Software do 14.04 LTS é mais conveniente que o 16.04 LTS, já que os usuários podem adicionar endereços de repositórios de software de terceiros. É minha sugestão para o desenvolvedor do Ubuntu 16.04 LTS fornecer a mesma facilidade em 16.04 LTS para atualizar e adicionar o repositório de software.
Sim, há uma diferença, no 16.04 LTS você terá o Gnome-Software-Center em vez do Ubuntu-Software-Center.
Quanto à adição de repositórios, isso você sempre pode fazer em System Settings --> Software & Updates --> Other Software