Você pode criar a pasta em sua casa como /home/username/Pictures .
Em seguida, abra Shutter e vá para Edit menu > Preferences .
Não altere o diretório de salvamento com salvamento automático para a pasta que você acabou de criar e salve as alterações feitas. Agora ele funcionará e salvará automaticamente em qualquer pasta desejada.
Se não funcionar, por favor comente.