Eu tive o mesmo problema quando instalei o kubuntu no Ubuntu 16.04.
Embora essas configurações de fonte pareçam não funcionar, você pode alterar a fonte indo para:
Configurações do sistema > Aparência > Estilo do aplicativo > Estilo do aplicativo GNOME
Existe uma configuração de fonte que você pode alterar e o efeito ocorrerá na próxima vez que você efetuar login.