O comando chattr pode ser usado para alterar uma pasta ou atributos de arquivos.
Então, se você usar
chattr -R +s the_big_folder
Ele adicionará recursivamente o atributo de exclusão segura a todos os sub-diretórios e arquivos. O que significa que quando você os excluir, eles serão preenchidos com zero. Então, você só tem que excluí-los usando
rm -rf the_big_folder