Renomeie a pasta ~/.Skype para algo como ~/.Skype-old .
Agora faça login no Skype como novo e ele será redefinido. Agora você pode copiar o conteúdo da pasta antiga que deseja preservar para a nova pasta ~/.Skype :).
Você também pode verificar as permissões dos arquivos nessa pasta para garantir que o Skype possa lê-los e gravá-los corretamente. Se eles parecem corretos e você ainda tem problemas, tente executar uma verificação de disco, que pode corrigir quaisquer erros com o sistema de arquivos (por via das dúvidas)