O criador de disco de inicialização está com bugs e foi mais ou menos descartado em 16.04 e substituído por uma interface mais simples (de mesmo nome).
Eu não me incomodaria tentando consertá-lo. Apenas tente reformatá-lo. A melhor coisa a fazer é beliscar o nariz e encontrar uma máquina Windows porque você tentou fazer o que podia no Linux. Cole-o e veja o que ele fará, depois o reformate lentamente.
Antes de fazer isso. Você pode tentar excluir a tabela de partições e fazer outra no gparted. Em seguida, tente adicionar uma partição e formatá-la. As ferramentas chamadas discos (em lubuntu 16.04) são melhores e podem diminuir o formato também.
Ao criar um novo disco de inicialização. Melhor para formatar seu disco antes e NÃO usar o criador de disco de inicialização para fazer isso (você sabe disso agora e é assim que eu sei disso também). Existem algumas ferramentas para fazer um disco de inicialização no Ubuntu. Unetbootin é um deles. Enquanto você estiver em uma máquina Windows, recomendo o Live Linux Installer ou o Universal USB Creator.