Eu tenho o mesmo problema com o Xubuntu 16.04. Para todos os usuários que possuem uma criptografia / home, a funcionalidade de lixeira funciona apenas para pastas e arquivos localizados dentro de / home. Ele não funciona para nenhuma pasta ou arquivo localizado fora de / home, enquanto funciona em qualquer local para usuários cujo / home não esteja criptografado.