Se a única razão pela qual você deseja criptografar sua partição do Ubuntu é por medo de malware do Windows, provavelmente você não deseja fazê-lo.
É quase impossível para o malware do Windows danificar o Ubuntu, já que o Ubuntu geralmente não compreende os arquivos EXE (a menos que você use o Wine).
Se você deseja criptografar sua partição Ubuntu porque teme que o malware do Windows corrompa a partição do Ubuntu, a criptografia não resolverá o problema.