Atualização 7. dezembro de 2013: Isso aconteceu apenas no lançamento de 13.10, mas é relatado que isso não deve causar mais problemas.
Sim, isso é verdade, aconteceu comigo também. Não consegui fazer o login na sessão do Unity após atualizar para o 13.10 e tive que desinstalar o Cinnamon para que ele funcionasse. Parece que esta é a solução para todos que têm um problema semelhante.
Meu conhecimento é limitado e não posso lhe dizer o motivo exato pelo qual isso está acontecendo :) Mas seu link já fornece uma possível razão para o problema - um pacote comum do gnome.